Библиотека - одно из первых подразделений Новосибирского института народного хозяйства (НИНХ). 27 декабря 1967 года вузом был арендован и отдан под библиотеку дом профессора Чеботарева по улице Романова. Состояла она из 2 подразделений - абонемента и отдела комплектования и обработки литературы. Первой заведующей библиотекой была Александра Андреевна Камендровская. Книжный фонд - 13 тысяч единиц, переданных из Всесоюзного заочного финансово-экономического института.
В апреле 1969 года состоялся переезд в новый учебный корпус на улице Каменской, 56. Был создан читальный зал. Заведующей библиотекой стала Раиса Леонтьевна Портнягина. В этом же году состоялся первый выпуск читателей-студентов - 175 человек. В декабре 1969 года был создан первый Совет библиотеки, под председательством декана учетно-экономического факультета Г. Ф. Спирева. Члены совета принимали активное участие в работе библиотеки.
В 1970 году в структуре библиотеки были выделены справочно-библиографический отдел и абонемент художественной литературы. В 1975 году открылся учебный корпус на ул. Ломоносова. В нем расположились вновь созданные абонемент общественно-политической литературы и читальный зал учебной литературы. В 1978 году были организованы занятия по пропаганде библиотечно-библиографических знаний.
В восьмидесятые годы подразделения библиотеки неоднократно переезжали. Вновь изменилась структура библиотеки. Были созданы абонементы научной литературы и учебной литературы.
В 1990 году после ухода на пенсию Р. Л. Портнягиной библиотекой стала заведовать Галина Александровна Гончарова. Под ее руководством началась работа по освоению компьютерных технологий. В 1997 году был основан отдел автоматизации библиотечных процессов. Запущен сервер библиотеки. Началось создание электронного каталога. В 1999 году фонд читального зала был разделен на экономическую и гуманитарную литературу. Читальный зал экономической литературы разместился в корпусе на улице Каменской, 52.
С 2000 по 2009 год библиотекой заведовала Галина Ивановна Максимова. В 2002 году компьютеры библиотеки были подключены к сети Интернет. Начато ведение сайта. Организован удаленный доступ к электронному каталогу. В 2003 году приобретена АБИС Virtua американской корпорации VTLS штата Вирджиния. Из 2 подразделений - отдела комплектования и обработки и абонемента - библиотека выросла до 7. Продолжалось внедрение автоматизированных технологий. На абонементах организована автоматизированная книговыдача. Создан отдел дистанционного обслуживания, служба электронной доставки документов удаленному пользователю. Началось формирование электронной библиотеки.
С 2010 по 2024 год библиотеку возглавляла Долгова Наталья Юрьевна, за исключением периода с 2016 по 2018 год, когда должность директора библиотеки занимала Нургалеева Лариса Владимировна.
В 2015 году библиотеке был присвоен статус научной.
В 2023 году произошли изменения в структурном составе НБ НГУЭУ: отделы библиотеки были ликвидированы, структура библиотеки приобрела целостность, функциональную неделимость. Работники библиотеки стали универсальными, взаимозаменяемыми специалистами. Также был совершен переход с автоматизированной библиотечной информационной системы VIRTUA на свободную АБИС Koha, отличающуюся своей гибкостью, функциональностью и простотой использования.
В 2024 году на коллективном собрании НГУЭУ ректором университета Новгородовым Павлом Анатольевичем был озвучен вектор развития Научной библиотеки - становление центром науки и просвещения, культурным центром духовного и интеллектуального общения. с 2024 года в библиотеке активно проводятся мероприятия, направленные на просвещение и развитие патриотизма среди студентов, большая часть мероприятий посвящены истории нашей страны, нацелены на углубление знаний, формирование уважения к ее героическому прошлому и укрепление чувства единства среди молодежи. Отдельное внимание уделяется организации и проведению занятий по основам информационной культуры и тренингам по работе с локальными и удаленными электронными ресурсами для всех категорий читателей.
Возглавила библиотеку с 2024 года Комлева Татьяна Михайловна.
На настоящий день Научная библиотека НГУЭУ является востребованной площадкой для проведения конференций, форумов, конкурсов, олимпиад, диктантов и других мероприятий,направленных на стимулирование научно-исследовательской и экспертно-аналитической деятельности обучающихся. Научная библиотека принимает большое участие в воспитательной и научно-просветительской работе университета совместно с деканами, кафедрами, органами студенческого самоуправления Университета и сторонними организациями. Она продолжает развиваться, совершенствовать процесс обслуживания, осваивать современные технологии и всегда с радостью ждет читателей в своих стенах.